Al relatar los acontecimientos del año 129 de la Hégira, mencionamos anteriormente que Marwan interceptó una carta enviada por el Imam Ibrahim a Abu Muslim al-Jorasani, la cual contenía la orden de matar a todos los que hablaran árabe en Jorasán. Cuando Marwan obtuvo esta carta, preguntó por el paradero del Imam Ibrahim y le dijeron que estaba en Balqa. Entonces escribió al gobernador de Damasco ordenándole que le enviara al Imam Ibrahim. El gobernador de Damasco entregó una descripción escrita del Imam Ibrahim a un mensajero y lo envió en su búsqueda. Cuando el mensajero llegó, se encontró con el hermano del Imam Ibrahim, Abu'l-Abbas as-Saffah, y, confundiéndolo con el Imam Ibrahim, lo arrestó. Le dijeron que no era el Imam Ibrahim, sino su hermano, y le indicaron el verdadero paradero del Imam Ibrahim. El mensajero fue entonces y capturó al Imam Ibrahim. El Imam Ibrahim llevó consigo a una esclava a la que amaba mucho, y aconsejó a sus allegados que, tras su muerte, su hermano Abu'l-Abbas as-Saffah fuera elegido califa, y les ordenó emigrar a Kufa. Todos partieron hacia Kufa ese mismo día. Entre los que emigraron estaban sus seis tíos: Abdullah, Dawud, Isa, Salih, Ismail y Abdussamad (todos hijos de Ali), sus hermanos Abu'l-Abbas as-Saffah y Muhammad, así como sus hijos Muhammad y Abdulwahhab. Algunas otras personas también se unieron a este viaje a Kufa.
Cuando llegaron a Kufa, Abu Salama al-Hilal los alojó en la casa de Walid b. Sa'd, un liberto de los hachemíes. Durante cuarenta noches ocultó su presencia a los soldados y comandantes, y luego los trasladó a otro lugar. Hasta que el país fue conquistado y se prestó juramento de lealtad (bayʿa) a as-Saffah, los fue trasladando de un sitio a otro, cambiando su paradero.
En cuanto al Imam Ibrahim b. Muhammad, lo llevaron ante el califa Marwan b. Muhammad, que se encontraba entonces en Harrán. El califa lo encarceló, y permaneció en prisión hasta ese año. En el mes de Safar, a la edad de cuarenta y ocho años, murió en prisión. Según otra transmisión, a la edad de cincuenta y un años, le pusieron sobre el rostro un pan plano caliente, lo que provocó su asfixia y muerte. Un hombre llamado Bahlul b. Safwan dirigió su oración fúnebre. Según una transmisión débil, la casa en la que se encontraba se derrumbó sobre él, causando así su muerte. También se dice que le dieron leche envenenada, lo que provocó su fallecimiento.
Según la transmisión, el Imam Ibrahim realizó la peregrinación (hajj) en el año 131 de la Hégira, donde fue recibido con gran respeto y honor. Su fama se extendió por todas partes, y Marwan se enteró de él. Se dijo a Marwan sobre él: "Abu Muslim al-Jorasani está invitando a la gente a prestarle juramento de lealtad (bayʿa) y lo llaman califa." Marwan entonces envió hombres tras él en el mes de Muharram del año 132 de la Hégira y mandó matarlo en el mes de Safar de ese año. Esta transmisión es más auténtica que las anteriores. Según otra transmisión, Marwan lo hizo apresar no en Hamimat al-Balqa, sino en Kufa. Allah sabe mejor la verdad.
El Imam Ibrahim era una persona generosa, dadivosa, virtuosa y de cualidades superiores. Transmitió hadiz de su padre, de su abuelo y de Abu Hashim Abdullah b. Muhammad b. al-Hanafiyya. Sus hermanos Abdullah as-Saffah, Abu Ja'far Abdullah al-Mansur, así como Abu Salama Abdurrahman b. Muslim al-Jorasani y Malik b. Hashim también transmitieron de él. Una de sus bellas sentencias es la siguiente: "La persona que posee muruwwa (nobleza de carácter) es aquella que protege su religión, visita a sus parientes y se mantiene alejada de acciones que puedan causar reproche."