Cuando su padre falleció un viernes, aunque Mustazhir tenía solo diecisiete años y dos meses, fue traído y se le dio bayʿah (allegiance) como califa. La primera persona que le dio bayʿah fue el visir Abu Mansur b. Juhayr. Después, se tomó bayʿah para él de Malik Rukn al-Dawla Barkyaruq b. Malikshah, y posteriormente de otros emires y líderes. El proceso de bayʿah se completó en tres días. Luego, el dieciocho de Muharram, martes, se sacó el ataúd de su padre. La oración fúnebre fue dirigida por su hijo, el califa Mustazhir. El pueblo también asistió a la ceremonia funeraria. Sin embargo, el sultán no asistió a esta ceremonia. La mayoría de los comandantes del sultán participaron en la ceremonia. Ghazzālī, al-Shāshī y Ibn Ukayl también asistieron a esta ceremonia. El día que se realizó el funeral, también presentaron su bayʿah al nuevo califa.
Mustazhir Bi Amrillah era una persona de buen carácter, recitador del Corán, elocuente, articulado, poeta y lógico. Uno de sus bellos poemas es el siguiente:
"El calor de la enfermedad dentro de mí derritió lo que estaba congelado en mi qalb (corazón).
Un día, finalmente extendí mi mano hacia la escena de la despedida.
¿Cómo emprenderé el camino del sabr (paciencia)?
Porque veo que los caminos de quienes caen en el amor
Están divididos en muchas partes,
Son caminos diversos.
Badr contradijo su promesa.
Sin embargo, por un tiempo, mientras cumplía su promesa,
Llené mi qalb con su amor.
Si después de esto rompo el pacto de amor en mi nafs (ego / alma inferior),
Que mis ojos nunca lo vean."
El califa Mustazhir dejó los asuntos del califato a su visir Abu Mansur Amid al-Dawla b. Juhayr. El visir Abu Mansur manejó los asuntos muy bien. Estableció la administración sobre bases sólidas. Trató a la gente con amabilidad. Fue uno de los visires distinguidos y virtuosos.
El trece de Shaʿbān de este año, el califa destituyó a Abu Bakr al-Shāshī del cargo judicial y nombró a Abu'l-Hasan b. al-Damiganī para este puesto.
En este año, ocurrió un conflicto entre los sunitas y los rafidíes. Muchas partes de Bagdad fueron incendiadas. Muchas personas fueron asesinadas. Inna lillāh wa inna ilayhi rājiʿūn (En verdad, a Allah pertenecemos y a Él regresamos).
Debido a la disputa entre los sultanes, nadie pudo realizar la peregrinación este año.
El catorce de Muharram, viernes, se leyó el khutbah (sermón) en nombre del sultán Barkyaruq Rukn al-Dawla. Ese día, después de que el califa al-Muqtadī firmara el decreto que lo nombraba sultán, falleció.