Babası cuma günü vefat edince Müstazhir'i onyedi yaşından iki ay almış olduğu halde getirip halife olarak kendisine bey'at ettiler. Kendisine bey'at eden ilk kişi vezir Ebu Mansur b. Cüheyr'di. Daha sonra Melik Rüknü'd-Devle Berkyaruk b. Melikşah'tan, onun ardı sırada diğer emir ve reislerden onun için bey'at alındı. Üçgüne kadar bey'at işi tamamlandı. Sonra muharrem ayının onsekizinde salı günü babasının tabutu ortaya çıkarıldı. Cenaze namazını oğlu halife Mustazhir kıldırdı. Halk da cenaze merasimine katıldı. Ancak sultan bu merasime katılmadı. Sultanın emirlerinin çoğu merasime katıldılar. Gazzalî, Şaşı ve İbn Ukayl de bu merasime katıldılar. Cenaze merasimi yapıldığı günde de yeni halifeye bey'atlerini sundular.
Mustazhir Bi Emrillah güzel ahlaklı, Kur'an hanzi, fesahatlı, bela-gatlı, şair ve mantıkçı bir kimseydi. Onun güzel şiirlerinden biri şudur:
«içimdeki hastalığın harareti kalpte donan şeyleri eritti.
Bir gün artık veda resmine elimi uzattım.
Sabretme yoluna nasıl koyulacağım?
Çünkü aşka düşen kimselerin yollarının çok kısımlara ayrılmış,
Muhtelif yollar olduklarını görüyorum.
Bedir, vaadine muhalefet etti.
Oysa bir süre vaadine uymuş iken ben,
Kalbime onun sevgisini doldurmuştum,
Eğer bundan sonra ben kendi nefsimde,
Aşk ahdini bozacak olursam.
Onu gözlerim hiç görmesin.»
Halife Müstazhir, hilafet işlerini veziri Ebu Mansur Amidü'd-Devle b. Cüheyr'e bıraktı. Vezir Ebu Mansur da işleri çok güzel bir şekilde yürüttü. İdareyi sağlam esaslara oturttu. Halka güzel muamelede bulundu. Seçkin ve hayırlı vezirlerdendi.
Bu senenin şaban ayının onüçünde halife, Ebu Bekir eş-Şaşî'yi kadılıktan azlederek bu görevi Ebü'lHasan b. ed-Damiganî'ye verdi.
Bu senede Sünnilerle Rafizîler arasında çarpışma meydana geldi. Bağdat'ın bir çok yeri yakıldı. Birçok insan öldürüldü. İnna lillah ve inna ileyhi raciun (doğrusu biz Allah'a aidiz ve O'na dönücüleriz).
Sultanların ihtilafi yüzünden bu senede hiç kimse hacca gidemedi.
Muharrem ayının ondördünde cuma günü hutbe, Sultan Berkya-ruk Rüknü'd-Devle adına okundu. Bu günde halife Muktedî onu sultanlığa atadığına dair fermanı imzaladıktan sonra vefat etmişti.