Yahya (a.s.)'nm öldürülmesinin bir çok sebebleri olduğu anlatılır. Ama bunlar arasında meşhur olanı şudur: Zamanın Şam hükümdarlarından birisi, kendi mahremi olan kadınlardan ya da evlenmesi helal olmayan kadınlardan biri ile evlenmek istiyormuş. Fakat Yahya (a.s.), onu bu evlilikten menetmiş. Bu nedenle de hükümdarın evlenmek istediği kadın, Yahya (a.s.)'ya karşı kalbinde kin beslemeye başlamış. Bir zaman sonra hükümdarla evlenecek olduğunda hükümdardan, Yahya'nın kanını kendisine armağan olarak sunma şartını ileri sürmüş. Hükümdar da bu şartı kabul etmiş. Yahya'yı Öldürecek birini ona göndermiş, o da öldürerek başını, kanıyla birlikte bir leğene koyarak kadının yanına götürmüş. Rivayete göre kadın derhal o anda ölmüş.
Denilir ki, zamanın hükümdarının karısı Yahya'ya aşık olmuş. Ona haber salmış, fakat Yahya ona yanaşmamıştı. Kadın ondan ümidini kesince onun kanını kendisine armağan olarak vermesi için, hükümdara müracaatta bulunmuştu. İlk anda hükümdar, onun bu dileğini kabul etmemişti. Fakat bilahare karısının bu isteğini yerine getirdi. Yahya'yı Öldürecek birini gönderdi. O da Yahya'yı öldürerek kanlı başını, bir leğen içinde hükümdarın karısına getirdi.
Bu manada bir hadis-i şerif de varid olmuştur. Yakub el-Kûfî, İbn Abbas'ın şöyle dediğini rivayet etmiştir: «Rasûlullah (s.a.v.) miraca götürüldüğü gece, gökte Zekeriyya (a.s.)'yı görmüş. O'na selam vererek şöyle demiş: "Ey Yahya'nın babası, de bakalım; nasıl öldürüldün ve İsrailoğullaıı, seni niçin öldürdüler?" Dedi ki:'Ey Muhammed! Sana diyeyim ki, Yahya, zamanının en hayırlı insanı, en güzel ve en miranı yüzlüsü idi. Cenâb-ı Allah'ın da buyurduğu gibi: «Efendi ve nefsine hakim idi.» Kadınlara ihtiyaç hissetmezdi. İsrailoğullarının hükümdarının karısı ona aşık oldu. O kadın fena bir kadındı. Yahya'ya haber saldı. Fakat Cenâb-ı Allah, Yahya'yı korudu. Onun bu çirkin isteğine yanaşmadı. Bunun üzerine İsrailoğullan, Yahya'yı öldürmek için toplandılar. Onların her sene toplanıp kutladıkları bir bayramları vardı.
Fakat o hükümdarın bir âdeti vardı ki, verdiği sözü mutlaka yerine getirir ve asla yalan söylemezdi. Hükümdar, bayram yerine gitti. Hanımı da kalkıp onu uğurladı. Karısının bu uğurlayışını tuhaf buldu. Çünkü daha önce onu hiç uğurlamazdı. Uğurlarken karısına şöyle dedi: "Dile benden ne dilersen. Dilediğini mutlaka yapacağım." Karısı da: "Zekeriyya oğlu Yahya'nın kanım istiyorum!" dedi. Hükümdar, benden başka birşey dile , dedi. Kadın, dileğim budur, deyip ısrar etti. Israr edince de hükümdar: "Yahya'nın kanı senin olsun." dedi. Kadın da muhafızlarını Yahya'ya gönderdi. Yalıya, mabedinde namaz kılıyordu. Ben de yanı başında namaz kılmaktaydım. Muhafızlar onu boğazlayıp kanlı başını bir leğene koyarak hükümdarın karısına götürdüler.
Rasûlullah (s.a.v.), Zekeriyya (a.s.)'ya: "Ne kadar sabredebildin?" diye sorunca Zekeriyya, şöyle cevap vermişti: "Namazımı asla bozmadım."
Muhafızlar, Yahya'nın kanlı başını hükümdarın karısına götürüp önüne bıraktılar. Akşam olunca Cenâb-ı Allah; hükümdarı, aile efradını ve bütün maiyyetini yere batırdı. Sabah olunca İsrailoğullaıı şöyle dediler. Zekeriyya'mn hatırı için ilahi gazab geldi. Gelin biz de hükümdarımız için öfkelenerek Zekeriyya'yı öldürelim.
Böyle diyerek beni öldürmek maksadıyla aramaya çıktılar. Adamın birisi gelip beni uyardı. Ben de korkarak onlardan kaçtım. Şeytan da
onların önlerine düşüp onlarla birlikte beni aramaya başlamıştı. Benim yerimi onlara gösteriyordu. Bu durumu görünce korktum. Onlara karşı kendimi savunanııyacağımı anladım. Bir ağaç karşıma çıkarak: "Bana gel, bana gel!" deyip yarıldı. Ben de içine girdim. Şeytan gelerek eteğimin ucunu tuttu. Bu esnada ağaç da yumularak beni içine aldı. Ancak eteğimin ucu ağacın dışında kaldı. İsrailoğullan geldiler, şeytan onlara dedi ki: "Görüyor musunuz, Zekeriyya şu ağacın içine girdi. İşte eteğinin ucu da dışarıda kaldı. Büyü yaparak ağacın içine girdi."
İsrailoğullan: Öyle ise, şu ağacı yakalım, dediler. Şeytan: "Hayır, ağacı testereyle ikiye biçin." dedi. Bunun üzerine onlar da ağacı testereyle ikiye biçtiler.
Hz. Peygamber (s.a.v.), Zekeriyya'ya: "(Testerenin) tesirini ya da acısını duydun mu?" diye sordu. O da şu cevabı verdi: "Hayır, sadece Cenâb-ı Allah'ın, ruhumu içine koyduğu o ağacı buldum."
Bu, gerçekte garip bir ifadedir. Tuhaf bir hadistir. Merfuluğunda münkeıiik vardır. Her halükarda bu münker bir hadistir. îsrâ ve miraçla ilgili hadislerde sadece Zekeriyya'dan bahsedilmektedir. İsrâ olayından bahseden sahih hadis lafızlarında sadece şu ifadelere rastlanmaktadır: "Teyze oğulları olan Yalıya ve İsa'ya uğradım. Onlar, teyze çocuklarıdırlar." Cumhur-u ulemanın sözleri de hadisin zahiri gibidir. Çünkü Yahya'nın anası, İmran kızı Eşya1 dır. O da Meryem'in bacısıdır. Meryem'de İmran'm kızıdır. Bir rivayete göre de Yahya'nın anası, yani Zekeriyya'mn karısı olan Eşya', İmran'm hanımı Hanna'nın kızıdır. O da Meryem'in anasıdır. Böyle olunca Yahya, Meryem'in teyzesi oğlu olmaktadır. Doğrusunu Allah bilir.
Zekeriyya oğlu Yahya (a.s.)'nm öldürüldüğü yerin Mescid-i Aksa mı, yoksa başka bir yer mi olduğu hususunda ihtilaf edilmiş ve bu hususta iki rivayet varid olmuştur: Sevrî'nin rivayetine göre Atiyye oğlu Şemne şöyle demiştir: "Mescid-i Aksa'nın yanındaki kayalığın üzerinde yetmiş peygamber öldürülmüştür. Bunlardan biri de Zekeriyya oğlu Yahya'dır."
Ebu Ubeyde Kasım b. Selam, Said b. Müseyyeb'in şöyle dediğim rivayet etmiştir: Buhtün-Nasr, Şam'a geldi. Orada Yahya b. Zekeriyya'mn fokurdamakta olan kam ile karşılaştı. Bu durumu sorunca kendisine meseleyi anlattılar. O da 70.000 kişiyi öldürünce Yahya'nın kanı durdu ve sakinleşti.
Buhtü'n-Nasr'm olayı, Mesih'den sonra vuku bulmuştur. Nitekim Ata ile Hasan Basrî'de böyle derler. Doğrusunu Allah bilir.
Hafız îbn Asakir, Zeyd b. Vakid'in şöyle dediğim rivayet etmiştir: "Zekeriyya oğlu Yahya'nın başını gördüm. Şam'daki mescidi inşa etmek istediklerinde onun başı, kıble tarafında mihraba yalan olan doğu köşesinde bulunmuştu. Derisi ve saçları hiç değişmemişti." Başka bir riva-
yette de şu cümle eklenmiştir: "Sanki henüz yeni öldürülmüş gibiydi." Şam mescidinin inşasından bahsedilirken onun, Sekasike direği denilen meşhur direğin altına konulduğu söylenir. Doğrusunu Allah bilir.
"El-Müstaksa fi Fezaili'1-Aksa" adlı eserde Hafız İbn Asakir, Muavi-ye'nin azadlısı Kasam'm şöyle dediğini rivayet eder: Şam hükümdarı Hedad b. Hedar idi. Oğlunu, Sayda kraliçesi Eril ile evlendirdi. Bu kraliçe, onun kardeşi kızı idi. Şam'daki hükümdar çarşısı, onun emla-kindendi. O eski bir kuyumcuydu. Kocası onu, üç talakla boşamaya yemin etmişti. Boşadıktan sonra ona tekrar geri dönmek istedi. Bunun fetvasını Zekeriyya oğlu Yahya'dan istedi. Yahya da: "Senden başka bir kocayla evlenip bosanmadıkça o kadm sana helal olmaz." diye fetva verdi. Bunun üzerine kadın, Yahya'ya kin beslemeye başladı. Hükümdardan, anasının işaret etmesiyle Yahya'nın başını istedi. İlk etapta hükümdar bu isteği kabul etmedi, sonra kabul etti. Yahya'yı öldürecek olan celladı ona gönderdi. Yahya, Cibron mescidinde namaz kılmakta idi.
Cellat o vaziyette iken onun başını vurarak hükümdarın huzuruna getirdi. Tepsi içindeki baş ona: "Karın başka bir kocayla evlenip ondan boşanmadıkça sana helal olmaz!" diyordu. Kadın tepsiyi alarak başımn üzerine koydu ve anasının yanına getirdi. Baş ona da aynı şeyleri söyledi. Bunun üzerine kadının ayakları yere gömüldü. Sonra böğürlerine kadar yere gömüldü. Anası feryad etmeye, cariyeler de bağrışmaya ve kendi yüzlerini tokatlamaya başladılar. Sonra omuzlarına kadar yere gömüldü. Bu vaziyette anası, cellada emir vererek kızının boynunun vurulmasını emretti ki, ileride başı ile avunup dursun. Cellat, kızın başını vurdu. Yer de onun geri kalan gövdesini yuttu. Hepsi zillete düşüp yok oldular. Yahya'nın kam, Buhtün-Nasr'm gelişine kadar yerde kaynamaya devam etti. Buhtün-Nasr da onun için 75.000 kişiyi öldürdü.
Said b. Abdülaziz der ki: O, bütün peygamberlerin kanı idi. Ermiya peygamber gelip orada duruııcaya kadar o kan, kaynamaya devam etti. Ermiya ona şöyle dedi. "Ey kan, îsrailoğullarmı yok ettin. Artık Allah'ın izni ile dur."
Ermiya'nm böyle demesi üzerine kan durdu. Savaş sona erdi. Şamlılardan da kaçabilenler, Kudüs'e gittiler. Hükümdar peşlerine düştü, çok sayıda insanı öldürüp bir kısmını da esir aldı ve daha sonra geri döndü.